竹鼠肠炎病因多种多样，有细菌感染(大肠杆菌)、霉菌感染、病毒感染和各种体内寄生虫感染等。吃了冬天霜冻的青粗饲料，不易消化的精饲料，投喂过多的蛋白饲料，水分重的瓜果喂过量及饮水不洁净，突然变换精料，投喂不定时定量，小鼠断奶过早或刚断奶贪食，鼠舍潮湿寒冷，食具脏，温度忽高忽低等均能引起腹泻。